(1)托盤回收和循環周轉使用的管理機制不健全。從根本上講，實施托盤一貫化運輸的大的障礙在于托盤本身的費用及其回收管理問題。目前在企業內部使用的托盤大多數都是由企業自備自用，托盤所有權歸屬本企業。然而，托盤一貫化運輸則需要將托盤隨貨物一起發往收貨點，由于托盤本身具有確定的費用，這就存在對托盤的處置管理問題。通常可根據托盤的價值高低采取兩種處置方法：其一是將價值較低的托盤作一次性使用，到達收貨方之后即作廢棄處理，其二是將價值較高的托盤回收進行重復循環使用。
對于循環使用的托盤，隨貨物到達收貨點之后需要根據其所有權歸屬進行回收管理，既增加了管理難度，又要增加了相應的費用——這是影響托盤一貫化運輸廣泛應用的最關鍵因素。由于托盤回收和循環周轉使用的管理難度和額外費用較大，我國目前還沒有形成托盤共同回收和循環周轉使用的運營管理機制，因而導致大多數企業的托盤只限于企業內部使用，不能在企業之間流通周轉。
(2)物流標準化水平低，托盤與運輸車輛匹配性差。
我國目前物流標準化水平還相當低，一方面在用托盤尺寸規格繁多，非標準托盤大量流行。根據筆者對我國10個具有確定生產規模的托盤生產廠家網上產品資料分析發現，這些廠家當前的托盤產品尺寸規格共計有46種之多，其中符合《聯運通用平托盤主要尺寸及公差》(GB/T2934-1996、2007)規定的標準尺寸規格的托盤有5種，其余均為非標準托盤，標準托盤僅占10.9%。另一方面，各式運輸車輛的貨廂和載貨平臺尺寸很不規范，我國目前還沒有制定相關的尺寸標準，很多車輛的尺寸與標準托盤尺寸不匹配，采用托盤運輸會嚴重降低車輛的裝載效率，因而影響了托盤運輸的應用。
(3)物流作業方式落后，裝卸搬運機械化程度低。大多數中小企業技術裝備能力薄弱，物流作業方式落后，裝卸搬運機械化程度較低不能夠適應托盤貨物的裝卸搬運作業要求。而且，由于我國巨前大多數地區裝卸搬運工人勞動力價格較低，就單獨的一個企業、一個作業環節而言，使用人工裝卸搬運的費用一般都低于設備投資費用，所以很多企業仍然采用人工裝卸搬運，在這些企業中托盤根本不能深受正常應用。
(4)產業組織化程度低，供應鏈管理不完善，不利于托盤共用體系構建。托盤一貫化運輸適宜于產業規模較大、供應鏈上下游企業聯系緊密、組織化程度較高的產業系統中應用，能夠形成確定的托盤數量規模，以便于在產業系統供應鏈內部進行周轉循環，實現共用。但是，我國目前大多數企業生產規模較小，托盤使用量較少，購置能力較弱，而同行業的企業之間相互聯系不緊密，產業組織化程度低，難以在行業系統內部構建起托盤共用體系。